Pada tahun 1975 Kantor Pengadilan Negeri Samarinda didirikan serta diresmikan pada tahun 1976, daerah hukum Pengadilan Negeri Samarinda meliputi seluruh wilayah administrasi Pemkot Samarinda : 10 Kecamatan, 59 Kelurahan, dan 1975 RT.

Mulanya Pengadilan Negeri Samarinda hanya 1 (satu) gedung saja (dikenal gedung lama yang sekarang dipergunakan untuk gedung Pengadilan Hubungan Industrial) namun seiring dengan perkembangan zaman Pengadilan Negeri Samarinda yang lama tersebut kondisi gedung sudah tidak memadai lagi dimana posisi lantai gedung lebih rendah dari badan jalan M.Yamin sehingga setiap hujan lantai gedung terendam air (banjir) dan pada tahun 2003 dibangun sebuah gedung kantor Pengadilan Negeri Samarinda berlantai 2(dua) yang terletak disamping kiri gedung lama (ex lapangan tenis) kawasan Jl. M. Yamin dari anggaran APBN (DIPA Tahun 2003).

Kemudian berdasarkan UU Nomor 2 Tahun 2004 tentang Penyelesaian Perselisihan Hubungan Industrial; UU Nomor 48 Tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman; UU No. 2 Tahun 1986 tentang Peradilan Umum sebagaimana telah diubah dengan UU Nomor 8 Tahun 2004 jo. UU Nomor 49 Tahun 2009, di Kota Samarinda telah terbentuk Pengadilan Hubungan Industrial yang berkantor di Gedung lama Pengadilan Negeri Samarinda. Berdasarkan UU No. 46 Tahun 2009 tentang Pengadilan Tindak Pidana Korupsi jo. SK Ketua Mahkamah Agung RI No. 022/KMA/SK/II/2011 telah dibentuk Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Samarinda. Daerah Hukum Pengadilan Hubungan Industrial dan Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Samarinda meliputi wilayah Provinsi Kaltim dan Kaltara.

Sejak tahun 1976 Pengadilan Negeri Samarinda telah secara bergantian dipimpin oleh 21 orang Ketua Pengadilan Negeri Samarinda: